Využitie „open source“ bioinformatických nástrojov pre genómovú analýzu na HPC môže byť problematické z hľadiska ich slabej paralelizácie na úrovni jednej analyzovanej DNA vzorky. Paralelizácia týchto nástrojov na HPC je možná tak, že sa analýzy spustia na viacerých vzorkách. Využívaniu HPC dnes konkurujú grafické procesorov a karty, na ktorých je možná paralelizácia už na úrovni jednej vzorky. Dobrý riešením by preto mohlo byť umožnenie kombinovaného využitia HPC a grafických kariet a veľkokapacitného úložiska.